Il Museo Archeologico di Naxos si trova in uno storico edificio di cinque piani costruito nel 17° secolo per ospitare la Scuola dei Gesuiti. La costruzione si sviluppa lungo il castello dei Franchi, ed incorpora due delle torri del castello. Alla fine del 19° secolo l’edificio fu sede della Scuola commerciale di Naxos, e tra gli studenti vi sarà il famoso autore greco Nicos Kazantzakis. Più tardi, l’edificio è stato assegnato al Servizio archeologico e dal 1973 ospita il Museo Archeologico locale.
Vi si trovano esposti reperti provenienti da quasi tutti i siti archeologici dell’isola: dalla grotta di Zas, da Melanes, Sangri, Yria, Tsikalario, Panormos ed altri ancora.
Vengono organizzate mostre molto importanti con materiale proveniente dagli scavi condotti sull’isola negli ultimi 60 anni. I reperti coprono un periodo di più di 6000 anni, dal Neolitico fino all’epoca paleocristiana. Tra i pezzi più pregiati la raccolta di statuette di marmo delle Cicladi, datata al primo periodo cicladico (3200 -2300 AC). La collezione del Museo per questo periodo storico è considerato dagli specialisti di uguale importanza e valore archeologico ed artistico di quella ospitata ad Atene nel Museo Archeologico Nazionale e nel Museo di Arte Cicladica. Oltre a questa importante raccolta il Museo possiede anche ricche collezioni di vasi tipici del periodo miceneo e del periodo geometrico (nono ed ottavo secolo AC).
Di periodo più recente si trovano vasi in ceramica e statuette fittili, insieme ad alcune sculture del periodo arcaico e un’importante collezione di vasi in vetro che risalgono al periodo romano.