Tempio di apollo
Naxos fu abitata dai Traci e dai Pelasgi, ai quali succederanno i Cari, il cui re, Naxos, darà il nome all’isola.
Successivamente l’isola sarà conquistata dagli Ioni, sviluppandosi in una civiltà molto evoluta ed importante.
Durante le guerre persiane Naxos si schiera con la Grecia. Nel 479 AC si unì alla lega di Delo, da cui si separerà nel 466 AC. Dopo la sconfitta degli Ateniesi durante la guerra del Peloponneso sarà conquistata dagli Spartani ed in seguito sarà conquistata dai Macedoni e dai Tolomei, fino a diventare possedimento romano nel 41 AC.
Nel 1207, il veneziano Marco Sanudo conquista le Cicladi e fonda il Ducato dell’Egeo, con Naxos come capitale.
L’isola venne divisa in 56 province distribuite a funzionari veneziani. Il potere del ducato durerà per tre secoli, fino al 1564, quando Naxos viene conquistata dai turchi, anche se i veneziani continueranno a governarla perché i turchi, per paura dei pirati, non vi si stabiliscono.
Naxos viene liberata nel maggio del 1821 e nel 1830 entra a far parte del nuovo stato greco.